Yugi egy fiatal gimnazista, bár alacsony termete sokakat megtéveszt. Anzut még az általános iskolában ismerte meg és bele is szeretett Domino Cityben él a nagyapjával, akinek van egy saját játékboltja. (Kame Shop a neve) Ő tanítottta meg Yugit Duel Monstersezni, és ő beszélt Yuginak arról, hogy mindíg bízzon a "Kártyák Lelkében". Yugi a legjobb párbajozó. Legyőzte a kártyajáték készítőjét, Pegasus J. Crawfordot, az amerikai bajnokot, Rebecca Hopkinst, a területi bajnokot, Insector Hagat és az Világbajnok Kaiba Setot. Az Ezeréves Ikont egy polcon találta egy poros aranydobozban, amibe a kirakó kirakása után a ritka kártyáit rakta. A darabkák helyrerakása 8 évébe tellt. Yugi nagyapja tudta, hogy a kirakóban sötét erő rejlik, ezért megpróbálta visszaszerezni Yugitól a kirakót, hogy megvédje tőle unokáját, de sikertelenül. Amint Yugi kirakta a kirakót, megszállta egy 3000 évvel ezelőtti fáraó lelke. A fáraó ezentúl mindíg átvette Yugi felett az irányítást, amikor az bajban volt és megvédte őt. Kettejük közül a fáraó a jobb kártyás, mint az kiderült a Doom Organization sorozat alatt. Yugi nagyapjának lelkét elrabolta Pegasus, így Yugi elment a Duelist Kingdomba, ahol megnyert egy bajnokságot és legyőzte Pegasust, így kiszabadította a nagyapja lelkét. Ezután újabb megpróbáltatásokkal került szembe a Kísértetek személyében, akik  ritka kártyákért harcolnak az ellenféllel. Ha nyernek elvisznek egy ritka kártyát. A vezetőjük Ishtar Malik, a Sír Őrök klánjának tagja. Yugi benevezett a Kaiba Corp. által megszervezett Battle City tornára és bekrült a nyolc finalista közé. Végül a döntőben megküzdött Malikkal és legyőzte őt, így hozzá került mind a három Egyiptomi Isten Kártya. Ez az a hely, ahol az Anime nem követi tovább a Manga történetét. Ugyanis a Manga szerint Atem bekerül az Emlék Világába, ahol újra átéli a múltját, apróbb változásokkal. Ezalatt Yugiék a nevét keresik. Később kiderül, hogy ez az Emlék Világ csak egy RPG, a "Dark RPG" ami a Atem és Bakura között zajlik a Domino Múzeumban. Az Anime szerint továbbra is a valódi világban marad és Yugit segíti a Doom Organizationnel szemben. Az egyik ilyen csata során, Dartz megszerzi Yugi lelkét, de Atem megmenti. Miután legyőzték Dartzot, Seto kérésére elmennek Kaiba Landbe, ahol részt vesznek egy bajnokságon.